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1、焙烤食品：将菠萝蛋白酶加入生面团中，可使面筋降解，生面团被软化后易于加工。并能提高饼干与面包的口感与品质。
2、干酪：用于干酪素的凝结。
3、肉类的嫩化：菠萝蛋白酶将肉类蛋白质的大分子蛋白质水解为易吸收的小分子氨基酸和蛋白质。可广泛地应用于肉制品的精加工。
4、菠萝蛋白酶在其它食品加工业中的应用，有人已经用菠萝蛋白酶来增加豆饼和豆粉的PDI值和NSI值，从而生产出可溶性蛋白制品及含豆粉的早餐、谷类食物和饮料。其它还有生产脱水豆类、婴儿食品和人造黄油；澄清苹果汁；制造软糖；为病人提供可消化的食品；给日常食品添味等。
二、菠萝蛋白酶在医药、业的应用
1、抑制细胞的生长
经相关临床研究观察表明，菠萝蛋白酶能抑制细胞的生长。
2、对的防治
菠萝蛋白酶作为蛋白水解酶对的防治是有益的。它能抑制血小板聚集引起的心脏病发作和中风，缓解心绞痛症状，缓和动脉收缩，加速纤维蛋白原的分解。
3、用于烧伤脱痂
菠萝蛋白酶能选择性地除 皮，使新皮移植得以尽早进行。动物实验证明，菠萝蛋白酶对邻近的正常皮肤无不良影响。局部使用抗生素不影响菠萝蛋白酶的效果。
4、作用
菠萝蛋白酶在各种组织中能有效地治疗炎症和水肿（包括静脉炎、骨骼肌损伤、血肿、口腔炎、溃疡及运动损伤），菠萝蛋白酶具有激活炎症反应的潜力。菠萝蛋白酶还可治疗。
5、增进药物吸收
将菠萝蛋白酶与各种抗生素（如四环素，阿莫西林等）联用，能提高其疗效。相关研究表明,它能促进抗生素在感染部位的传输，从而减少抗生素的用药量。据推断，对于药物，也有类似的作用。此外，菠萝蛋白酶能促进营养物质的吸收。